ที่ตั้งของวัดนิเวศธรรมประวัติเป็นเกาะกลางแม่น้ำเจ้าพระยา อยู่ตรงกับพระราชวังบางปะอิน พระอุโบสดวัดนิเวศธรรมประวัติ คือโบสถ์ฝรั่ง เป็นโบสถ์ฝรั่งแบบเก่าๆ ที่พบเห็นได้ทั่วไปในยุโรปการตกแต่งภายในเป็นแบบฝรั่งแม้แต่ฐานที่ประดิษฐาน พระประธาน คือพระพุทธนฤมลธรรมโมภาส และพระสาวกก็ไม่ได้ทำเป็นฐานชุกชีอย่างในโบสถ์ทั่วไป แต่ทำเหมือนที่ตั้งไม้กางเขนในโบสถ์คริสต์ ช่องหน้าต่างที่เจาะไว้ก็เป็นหน้าต่างโค้ง ที่ฝาผนังโบสถ์ด้านหน้าพระประธานจะเห็นภาพประดิษฐ์กระจกสีเขียวเป็นพระบรมฉายาลักษณ์ของรัชกาลที่ 5 งามอย่างชนิดที่ไม่เคยเห็นจากที่ใดเมืองไทย ด้านขวามือของพระอุโบสถสร้างเหมือนปราสาทเจ้าหญิงในเทพนิยายฝรั่ง คือ หอพระคันธารราษฎร์ ซึ่งเป็นพระพุทธรูปยืนปางขอพุทธศิลาเก่าแก่ปรางนาคปรก อันเป็นพระพุทธรูปสมัยลพบุรีฝีมือช่างขอม อายุเก่าแก่นับพันปี พระนาคปรกนี้ติดับต้นพระศรีมหาโพธิ์ใหญ่ที่แผ่กิ่งไปทั่วบริเวณหน้าพระอุโบสถ ถัดไปเป็นหมู่ศิลามีประวัติความสำคัญเกี่ยวข้องกับสมเด็จกรมพระยาดำรงราชานุภาพ พระบิดาของประวัติศาสตร์ไทย ในฐานะที่เป็นที่ตั้งโรงเรียนประชาบาลหลังแรกในประเทศไทย สมเด็จพระกรมพระยาดำรงราชานุภาพทรงผนวชที่วัดนิเวศธรรมประวัติ ตำหนักที่ประทับจำพรรษาของพระองค์ยังปรากฎอยู่จนทุกวันนี้ เรียกว่า ตำหนักสมเด็จ ในระหว่างทรงผนวช และจำพรรษาอยู่ที่วัดนเวศธรรมประวัติ ทรงนิพนธ์หนังสือแบบเรียนเล่มที่ 1 ขึ้น แล้วทรงออกสอนนักเรียนที่เป็นลูกชาวบ้านละแวกนั้นเป็นครั้งแรกในประเทศไทย ปัจจุบันที่ข้างพระอุโบสถมีหมู่ก้อนศิลาใหญ่น้อยและพระธรรมเจดีย์เป็นที่บรรจุพระอัฐิเจ้าจอมมารดาชุ่มพระสนมเอก รัชกาลที่ 4 เจ้าจอมมารดาของสมเด็จพระยาดำรงราชานุภาพ